Poste basé à Poitiers

Ce projet serait sous la direction de : Pauline POINOT

Unité de recherche :IC2MP, Equipe E-BiCoM

École doctorale : Rosalind Franklin – Énergie, Environnement, Bio santé

Intitulé du sujet :

Sondes à COVs isotopiques pour le diagnostic et le pronostic des maladies : de la recherche fondamentale à l’essai clinique

Début de thèse :  à partir du 01/10/2022

Mots clés : Biochimie, Chimie analytique, Biologie, Chemobiologie

Résumé

L’objectif de ce projet consiste donc à développer un cocktail de sondes isotopiques croisées, ciblant chacune un marqueur enzymatique tumoral. L’objectif sera d’améliorer la robustesse du diagnostic et sa qualité, en corrélant l’activation d’une ou plusieurs sonde(s) avec la localisation de la tumeur, son agressivité, sa rémission, reprise ou propagation. En parallèle, de nouvelles voies exploratoires seront étudiées en vue d’étendre la gamme de marqueurs détectables via ces sondes. Elles seront alors utilisées pour allumer des voies métaboliques spécifiques des cellules épithéliales cancéreuses et/ou des cellules tumorales circulantes.

Contexte et problématique :

La volatolomique, discipline qui étudie les composés organiques volatils (COVs) produits par un système biologique, est un domaine scientifique émergent qui permet d’explorer les processus biologiques en temps réel. De nombreux COVs endogènes, présents dans l’haleine, la transpiration, l’urine ou les selles des individus seraient des marqueurs potentiels de diverses maladies, et pourraient être utilisés à des fins diagnostiques ou pour la stratification des patients dans le cadre de thérapies personnalisées. Cependant, l’utilisation clinique de ces marqueurs endogènes reste limitée en raison d’une grande variabilité inter-individuelle et d’une disparité inter-laboratoire.

Description du sujet :

Le candidat(e) réalisera son doctorat au sein de l’IC2MP, dans l’équipe « E-BiCoM ». Ce travail de thèse s’intègre dans le programme de recherche du Groupe « Biomarqueurs ; Etude des processus du vivant » de l’équipe de recherche et sera placé(e) sous la responsabilité du Dr. P. Poinot. Les missions du projet de thèse seront :
– de développer et étudier l’efficacité d’un cocktail de sondes croisées enzymo-sensibles, à base de Composés Organiques Volatils (COVs), pour la détection et le suivi des tumeurs cancéreuses (études in vitro, in vivo et essai clinique) ;
– de développer de nouvelles sondes à COVs biologiques ou dérivées de métabolites biologiques, afin d’ »allumer » des voies métaboliques spécifiques des cellules cancéreuses épithéliales, en transition épithélio-mésenchymateuse, ou circulantes (étude in vitro).

Méthodologie et mise en œuvre :

Le/La doctorant(e):
– développera une méthode GC-MRM MS pour la détection de COVs isotopiques,
– étudiera les activités des enzymes cibles en présence des sondes, seules puis en mélange,
– réalisera les études in vivo (animaux) et cliniques (plasma sanguin, biopsies)
– réalisera les essais in vitro (culture cellulaire) visant à évaluer la pertinence de sondes dans le cadre de l’exploration de processus métaboliques spécifiques des cellules cancéreuses et des cellules tumorales circulantes.

Profil recherché :

Le/la candidat(e) doit posséder un master 2 ou équivalent dans un domaine associant au moins une des disciplines sui-vantes : chimie analytique, protéomique, métabolomique, biochimie, biologie. Des connaissances sont souhaitées en :
– Analyse par GC-MS des COVs
– Analyse par LC-MS des protéines
– Biochimie moléculaire et métabolique
– Enzymologie
– Culture cellulaire
– Aptitude à travailler avec des animaux
– Qualité rédactionnelles, capacité à publier et valoriser des travaux de recherche
– Aptitude au travail en équipe
– Une bonne maîtrise de l’anglais est requise.

Contact pour plus d’informations et pour candidater jusqu’au 09/05/22 inclus :
pauline.poinot@univ-poitiers.fr